Rys historyczny: W 1983 r. biskup Jan Obłąk, ordynariusz Diecezji Warmińskiej zwrócił się do Inspektora Inspektorii (Prowincji) Warszawskiej pw. św. Stanisława Kostki, ks. Wojciecha Szulczyńskiego z prośbą o podjęcie pracy duszpasterskiej w Ełku i zapoczątkowanie salezjańskiego dzieła w tym mieście. W tym celu z parafii diecezjalnej pw. św. Wojciecha został wydzielony teren na budującym się osiedlu „Jeziorna” i z niego została utworzona parafia powierzona Zgromadzeniu Salezjańskiemu. Jednocześnie biskup Jan Obłąk prowadził starania o zezwolenie na budowę kościoła i domu zakonnego z zamiarem powierzenia ich budowy Salezjanom. Nowy inspektor Inspektorii Warszawskiej ks. Zdzisław Weder delegował do Ełku ks. Henryka Korzeniowskiego i powierzył mu zapoczątkowanie dzieła salezjańskiego. 18 lutego 1984 r. Ks. H. Korzeniowski otrzymał nominację na stanowisko wikariusza parafii pw. św. Wojciecha z zadaniem organizacji duszpasterstwa w nowej parafii. Zamieszkał tymczasowo w wynajętym mieszkaniu przy ul. Sosnowej 2. W 1986 r. biskup ordynariusz Edmund Piszcz i wojewoda suwalski spisali protokół porozumień w sprawie uzyskania zezwolenia na budowę kościoła. 31 lipca 1987 r. do Ełku przybył ks. Stanisław Kutwiński z przeznaczeniem do pomocy w pracy duszpasterskiej i do prowadzenia spraw budowlanych. 10 listopada 1987 r. Wojewoda Suwalski wydał decyzję o lokalizacji budowy kościoła i domu zakonnego. Dnia 27 lipca 1988 r. Urząd Wojewódzki wydał zezwolenie na budowę tymczasowej, drewnianej kaplicy. Zaraz przystąpiono do budowy. Kaplicę wybudowano w bardzo krótkim czasie. Dekretem z dnia 1 września 1988 r. Biskup Edmund Piszcz ustanawia parafię pw. bł. Rafała Kalinowskiego, określając jej granice. Pierwszym proboszczem zostaje mianowany ks. Henryk Korzeniowski. Poświęcenie kaplicy następuje w dniu 1 września 1988 r. W nocy z 25/26 listopada 1989 r. wybuchł pożar, który zniszczył ją doszczętnie. Dzięki dyrekcji tartaku została utworzona kaplica zastępcza w świetlicy tego zakładu. Urząd Miejski w Ełku pismem z 31 lipca 1989 r. wydał zezwolenie na budowę kościoła. Inspektor ks. Zdzisław Weder dokonał poświęcenia Krzyża i całego placu budowy. 16 sierpnia tegoż roku rozpoczęto wykopy pod fundamenty kościoła. W 1991 r. ks. Henryk Korzeniowski ukończył sześcioletnią kadencję dyrektora Domu Salezjańskiego i na jego miejsce został mianowany nowy dyrektor ks. Stanisław Kutwiński. Jemu też powierzono stanowisko proboszcza parafii w dniu 2 lipca 1991 r.Na uroczystość kanonizacji bł. Rafała Kalinowskiego w Rzymie udała się pielgrzymka wiernych, która przywiozła ze sobą do parafii relikwie bł. Rafała Kalinowskiego. Zostały one umieszczone w nowo wybudowanej, bocznej kaplicy przyszłego Kościoła. Był to początek sprawowania Mszy św. w nowej kaplicy. Przez ostatnie lata nastąpił szybki rozwój budowy kościoła, którego ukoronowaniem było zalanie całości stropu. Jednak trudności i kłopoty nie omijały tej Parafii. Dnia 29 kwietnia 1997r. około godziny 21 wybuchł pożar. Paliły się wiaty na terenie budowy świątyni, gdzie zgromadzony był liczny materiał budowlany i drewno. 1997 r. Ks. Stanisław Kutwiński kończy kadencję dyrektora wspólnoty zakonnej i proboszcza parafii, a urząd obejmuje nowo mianowany proboszcz i dyrektor dzieła salezjańskiego ks. Jerzy Walo. Uroczyste przekazanie władzy z udziałem inspektora ks. Józefa Strusia odbyło się dnia 1 sierpnia 1997 r. Dnia 27 września 1998 r. biskup ordynariusz Wojciech Ziemba uroczyście wmurowuje kamień węgielny. Wtedy też, jeszcze w warunkach „polowych” zostaje odprawiona pierwsza Msza św. w nowej świątyni. Dzień 8 czerwca 1999 r. to dla całego Ełku dzień nadzwyczajny. Dla tej Parafii – szczególna radość i zaszczyt. O godzinie 1040 helikopter z Ojcem Świętym Janem Pawłem II ląduje na terenie Parafii św. Rafała Kalinowskiego. Po odprawieniu Mszy św. w drodze powrotnej Ojciec Święty dokonał poświęcenia i błogosławieństwa tego właśnie kościoła. Tak podniosłym wydarzeniom towarzyszyły liczne rzesze wiernych i gości. Na sezon zimowy 1999 r. został pokryty w całości dach blachą i częściowo wykonana elewacja zewnętrzna. Święta Bożego Narodzenia 1999 r. w parafii mają wyjątkowy wymiar. W chwili, gdy Ojciec Święty Jan Paweł II otwiera Rok Święty Jubileuszowy i przeprowadza Kościół przez Drzwi Święte Bazyliki Watykańskiej w parafii cała wspólnota czyni podobny gest. Od tego dnia Eucharystia jest sparowana w głównej części świątyni. W obecnej chwili dalej trwają prace przy budowie kościoła. Zostało do zrobienia wiele rzeczy, większość tych prac sprowadza się do wykończenia świątyni, m. in. pomalowanie wnętrza, ogólny wystrój kościoła itp.Biskup ordynariusz Jerzy Mazur dekretem z dnia 20 stycznia 2005 r. wydzielił ulice z parafii pw. św. Rafała Kalinowskiego i erygował Rzymskokatolicką Parafię pw. św. Faustyny, przekształconą później w parafię św. Jana Pawła II.

Wyposażenie świątyni: Kształt kościoła jest bryłą na planie prostokąta. Kościół jest murowany z cegły żelbetonowej szkieletowej, wypełnionej cegłą szczelinówką, halowy, trzynawowy. Obiekt jest pokryty blachą powlekaną, o dachu dwuspadowym, dość stromym. Posiada trzy wejścia główne i drzwi poboczne. Na ścianie nad wejściem głównym jest zawieszony krzyż. Wystrój kościoła jest prosty, ponieważ prace wykończeniowe jeszcze trwają. Po zachodniej stronie od prezbiterium wystawione są dwa obrazy, obraz św. Jana Bosko oraz patrona parafii, św. Rafała Kalinowskiego. Po wschodniej stronie od prezbiterium za tabernakulum, jest wystawiony do publicznej adoracji krzyż, który zachował się po spaleniu (podpalonej) kaplicy (ks. Stanisław Kutwiński i ks. Henryk Korzeniowski poinformowali, że w tym miejscu najdłużej się paliło)

Odpusty: Św. Jana Bosko – 31 stycznia, NMP Wspomożycielki Wiernych – 24 maja, Św. Rafała Kalinowskiego – 20 listopada

Księgi parafialne: od 1989 r.